采取的主要措施是以工业结构调整、工业综合治理、城市环境基础设施建设为抓手，以容量控制和浓度控制为约束，大力淘汰落后产能，实施工业治理"再提高"工程，建设城镇污水处理厂，推广中水再生利用。

　　针对沿线造纸、发酵、印染3个行业COD排放量占工业企业的80%以上，结构性污染问题十分突出的特点，"十五"期间山东省率先关闭沿线5万t以下造纸企业草浆生产线和所有5000t以下酒精生产线，"十一五"期间共淘汰造纸产能90多万t，酒精产能21万多t，印染产能近2亿m。通过产业调整和升级，2010年山东全省纸制品总产量为2002年的25倍，利税增加了37倍，而造纸行业COD排放量却同比减少了62%，吨纸废水排放量同比下降了416%，较《全国"十二五"节能减排规划》确定的"淘汰单条产能小于34万t的非木浆生产线"提前了8～10a，山东造纸行业走上了良性发展快车道。江苏省也于2008年底前，淘汰沿线所有草（棉）浆化学制浆、年产5万t以下废纸造纸、年加工80万张（折牛皮标张）以下的制革、年产1万t以下的酒精和淀粉生产线，并通过提高化工行业准入门槛，实施搬企入园，加强园区内工业废水处理和循环利用。沿线通过环境质量标准倒逼机制，有力的推动企业污染治理水平的"再提高"。

　　2012年，江苏省沿线共建成城市污水处理厂44座，日处理能力达208万t；建制镇污水处理设施113座，日处理能力2565万t，建制镇设施覆盖率达到73%。山东省共建成污水处理厂90座，日处理能力达430万t，其中达到1级A处理标准的占50%，中水日回用能力达979万t，回用率达到20%以上。2012年东线沿线已建成的城镇污水处理能力较2002年提高了10倍以上，污水处理率达到87%，提前完成国家"十二五"规划提出的"到2015年全国城市污水处理率达到85%，县城污水处理率达到70%，城镇污水处理厂再生水利用率达到15%以上"的目标。

　　2.4.2线源污染防控

　　防控的指导思想是以发展绿色航运为指导，岸、船结合，综合防控。结合京杭运河船型标准化示范工程，沿线淘汰水泥船04万艘，拆改挂桨机船24万艘；建成岸上废油水和垃圾处理（置）设施69座；全面清理取缔沿线小码头和小堆场，将港口、码头逐步退出输水干线，实施集约化、环保型建设，仅济宁市在梁济运河沿线清理、拆除小码头34个。同时规定，航行于京杭运河段的船舶，须送交油废水和生活垃圾，严禁中等毒性及以上的危险化学品运输，并在船舶上强制性加装生活废水处理装置，试点油改气（LNG燃料）混合动力船舶，航运污染防控工作进一步加强。

　　2.4.3面源污染防控

　　主要是以调水源头和沿线调蓄湖库为重点，发展生态农业，实施退耕还湿，建设生态屏障。江苏省将调水源头的江都取水口划为饮用水源保护区，实施农业面源污染控制、引江河道与湿地保护、生态林网与生态廊道、生态环境监测预警系统等建设，建成生态防护林667hm2，并在输水沿线地区发展生态农业，建设无公害农产品、绿色食品和有机食品基地100多万hm2，化肥使用量较2000年减少了15%以上。山东省以南四湖、东平湖区域为重点，实施"两减三保"（减少农药、减少化肥，保产量、保质量、保环境），推行农村环境集中连片整治，开展畜禽养殖污染治理，并在重点排污口下游、支流入干流处、河流入湖口，因地制宜建设人工湿地水质净化工程，实施规模化退耕还湿，建设沿河环湖大生态带，削减面源污染，增加环境容量，改善生态环境。2012年底，山东省已在沿线建成人工湿地面积9733hm2，修复自然湿地面积10867hm2。

　　2.4.4内源污染防控

　　以水生态文明建设和河湖休养生息为目标，提升河湖生态功能，恢复受损河湖生态健康。江苏省结合运河城市环境治理，实施城区河道清淤和河岸水系的综合整治，运河城区段已初步形成了具有生态、绿化、美化功能的绿色通道和景观隔离带。山东省清理取缔和改造南四湖、东平湖投饵性围网、网箱约2067万hm2，建立净水型增殖水域约7万hm2，实现渔业休养生息；同时，利用季节性河道和闲置洼地，建设21项中水截蓄导用工程，对经治理达标排放的中水进行截、蓄、导、用，在保证调水期中水不进入或少进入输水干线同时，逐步恢复河道生态功能，年可利用中水21亿m3，消化COD449万t，氨氮3121t，有效改善农灌面积达13万hm2。